李 贽（上卷）
曾用名号。
《明史》的记述。
家世与早年（家世。父白斋。出生。早年。教书青阳。婚配。）
初入官场（中举。共城教谕、南京国子监博士。北京国子监博士。回共城与妻子重新聚首。白云寺诗碑。礼部司务。南京刑部主事、员外郎、郎中。）
姚安知府（就任。政绩。任满辞官。）
居留黄安 （居留黄安。同耿定理的关系。与耿定向的意见冲突。耿定力。）
流寓麻城（初住维摩庵。迁龙潭湖芝佛院。剃发为僧。黄氏病逝。出版《焚书》。亦僧亦儒的生活。作遗书。驱逐未果。）
四年长途旅行
芝佛院纵火案（逐出麻城。冯应京其人。梅澹然。地方官的卫道。）
避居商城和通州
李贽之死（张问达的疏劾。张问达其人。入狱。审讯。誓死不还乡。自杀。葬通州。）
李贽（1527─1602年），又名载贽，字宏甫，号卓吾，明·泉州晋江聚宝境(今鲤城区万寿路)人。祖籍南安。是中国思想史上一位特异的思想家，被称为“一代狂狷”，在国内外都有一定的影响。
曾用名号
初入泮学名林载贽，字宏甫，号卓吾，又号笃吾、宏甫，别号温陵居士。
嘉靖三十一年(1552年)中举后，承袭父福，归宗改姓李。
隆庆元年十二月（l566年）为避穆宗朱载垕（hòu）讳，改名贽。
他曾为官河南共城，因仰慕邵雍而筑室于苏门山百泉上，故称百泉人，又号百泉居士。
晚居龙湖，号龙湖叟。
《明史》的记述
李贽在《明史》无传，仅于《明史·卷221·列传第109·耿定向》中简短地带了一下。文曰：
“（耿定向）尝招晋江·李贽于黄安，后渐恶之，贽亦屡短定向。士大夫好禅者往往从贽游。贽小有才，机辨，定向不能胜也。贽为姚安知府，一旦自去其发，冠服坐堂皇，上官勒令解任。居黄安，日引士人讲学，
杂以妇女，专崇释氏，卑侮孔、孟。后北游通州，为给事中张问达所劾，逮死狱中。”
家世与早年
家世
李贽祖籍南安榕桥，上溯8世的世系是：1世林闾（字君和，号睦斋）→2世林驽（字景文，号东湖）→3世李信生（字允诚，始迁南安榕桥胭脂巷，改李姓）→4世林乾学（又复林姓）→5世李端阳（复改李姓）→6世李宗洁（号竹轩）→7世李钟秀（号白斋）→8世林载贽（后复原姓，为李载贽）。
榕桥李氏尊李弘弼为入泉始祖。李弘弼，唐末寿州（今安徽寿县）参军，光启元年（885年）从王潮兄弟队伍入闽，息旅于泉州，解组弃介遁居焉。衍传至18世李衡（智平），生四子（19世）：长君怀传南安新营李氏，次君达传安溪湖头李氏，三君派传同安李氏；独四子君和（讳闾，号睦斋）留泉州。
君和（讳闾，号睦斋）生于元·至和元年（1328年）。因元季兵饷费多，粮银推迫，君和一人在泉州难以维持，且幼孤常住外妈之家，故变名入外妈之林姓，改称林。明·洪武十七年（1388年）卒，葬泉州郡城之北清源山麓（参见泉州历史网www.qzhnet.com《泉州山川·清源山》）。
林闾及长，贸易海外。生二子，长驽（景文），次端（景顺）。
林驽生五子，长信公（居斋），次仙保（居安，号通衢），三信生（允诚），四玉生（廷贽），五福生（福全）；林端生二子，长信与（广懋），次添与（广齐）。
林驽继承乃父林闾海外贸易事业，远航异域。由于宗教信仰不同，生意上带来很大不便，加上年过三十，只好入乡随俗，信仰伊斯兰教，受戒于清净寺，又娶当地穆斯林女子蒲氏为妻（即“夷妣”）。林驽一生共娶了3个妻子，据《历年表》载：“二世长房东湖公生，娶吴氏、夷妣、庶妣，并失记。”
林驽携妻归国后，由于信仰的不同，生活习俗上有了很大变化，使深受儒、释（其母礼佛）影响的家庭为之震撼。其弟林端由于信仰之异，“不能革其兄之异习，乃退而自居城南”（《陇西李氏族谱》光绪抄本）。明·永乐廿年（1422年）林端（景顺）率其子广齐（添与）迁南安县三十都（今榕桥）肇基，复姓李；林驽之子信生（允诚）亦随同前往，两姓并祖，尊林闾为1世祖。后来林闾的后裔居泉州郡城者一般姓林，而居南安榕桥者均姓李，史称“林李同宗”。宣德至天顺间（1426—1464），林驽之子玉生、福生亦定居南安榕桥三十都，复姓李。这样，林闾留在泉州的后裔，只剩下林驽及其子信公（无嗣）、仙保。
后来3世信生（字允诚）亦改李姓。至4世林乾学又复林姓，5世李端阳复改李姓。李端阳生李宗洁（号竹轩，6世，李贽祖父）。据《陇西李氏族谱》载，李宗洁生四子（7世）：钟秀（白斋，李贽之父）、廷桂（章田）、钟英、钟美（钟英、钟美失传）。期间虽有隔代居泉而姓林（如四世林乾学），但多数居南安榕桥姓李。
（参见泉州历史网www.qzhnet.com《泉州民系??泉州祠堂?榕桥李氏家庙》）
父白斋
李贽之父李钟秀，号白斋。白斋姓李是肯定的。泉州《燕支苏氏族谱·封君艾斋 苏先生传》载：“（苏存淑，字艾斋）尝禀受学于李白斋，公（白斋）器之，字以女，是为李儒人，即世所称李卓吾之妹也。”
李钟秀（白斋）是郡诸生，不能种地，生活困难，经常受弟李章田的接济。李贽族兄林奇材《明故处士章田 李公暨配丁氏、媵张氏合葬志铭》载：“赠南京刑部郎中伯兄钟秀公，以子姚安守载贽君贵。向未贵，隶郡诸生，寒肤嗛腹，公（李章田）馈膳服劳，事之若父……雁行四人，自少长洎娶，同室共炊，家庭迄无间言。厥后食指蕃滋，庐舍湫阨 。竹轩公（宗洁，李贽祖父）始命析箸分居……”
李白斋便从南安榕桥携妻徐氏到泉州郡城设馆授徒。李贽即出生于泉州郡城。
白斋生五男三女，李贽居长。苏懋祺（苏艾斋之子）《祭卓吾母舅文》曰：“昔我外祖白斋公，诞男五而吾舅居长，诞女三而吾母居次。”一个塾师要维持五男三女10余口之家，是非常困穷的。因而只得靠妻儿做些手工杂活和饲养牲畜帮补。明·李光缙《待赠李孺人（李贽之二妹，谥孝庄）传》一文中，便说到李贽二妹嫁给苏存淑为妻时，“辨发服浣，旦绩缝夜洴澼洸，与诸臧获杂作，饲逐畜雏必亲之。”如此勤快，可见其出自贫困之家，惯于劳作。
后李宗洁（李贽的祖父）、李钟秀（李贽之父）均与妻合葬于泉州东岳山，墓志铭“文革”期间被毁，墓圹经1976年泉州文管会派员清理，唯剩若干瓷片。
出生
明·嘉靖六年（1527年）十月廿六日，李贽出生于泉州城南万寿路（天后宫对面德济门外），故居今存（参见泉州历史网《泉州民居·李贽故居》）。
《卓吾论略》：“居士生大明·嘉靖丁亥之岁（嘉靖六年，1527年），时维阳月（十月），得全数焉。”“居士生于泉，泉为温陵禅师福地也。居士谓吾温陵人，当号温陵居士。”
明·万历卅年壬寅（1602）三月十六日李贽入狱后，听说朝廷要押解他回原籍福建，感慨地说：“我年七十有六，死耳，何以归为？”竟自刭。清·乾隆《泉州府志》及李贽生前至交马经纶等人记载，李贽年七十六。《光绪乙亥学前李氏分刊·族谱源流》亦载：“十月廿六日卓吾祖伯诞辰祠中行礼祝文式。”均可证李贽出生于嘉靖六年丁亥（1527）十月廿六日。
《清源林李宗谱》、《历年表》记载李贽生于嘉靖五年丙戍（1526年）十月廿六日，有误。
李贽出生后按居泉州者例姓林，名载贽；李贽《茶夹铭》中曾说：“子不姓汤，我不姓李，总之一味清苦到底。”中举后，为承袭父福，复姓李；后为避明皇朱载垕讳，又去“载”字。《清源林李宗谱·恩纶志》：“老长房李讳贽，原姓林，入泮学，册系林载贽，旋改李姓。避胜朝庙讳，去载字。”
早年
嘉靖十一年（1532年），李贽6岁，母徐氏去世。次年，李贽即从父李钟秀（号白斋）“读书、歌诗、习礼文”。
李贽从小就厌恶朱熹给《四书》所作的注。嘉靖十七年（1538年），李贽12岁就作《老农老圃论》，反对孔子把种田人看成“小人”，初露头角。到14岁（嘉靖十九年，1540年），李贽读完《易》，改读《尚书》。
由于少年李贽家境困窘，经常受到叔父李章田的接济关心，李贽亦经常回祖籍地南安榕桥三堡胭脂巷村。李章田“连蹇多娶”，配继侧室计6人，“晚诞儿息”，故对李贽有过继之意，十分疼爱。李贽少时在胭脂巷村读过书，帮叔父劳动，常到村后山上的白云寺看书。至今传今白云寺和畲后有其读书处。
教书青阳
李贽与黄氏生四男三女；唯长女（谥恭懿）长成，嫁晋江苏纯夫为妻，生子三：祖耳、宗耳、胤耳。李贽子桂儿，据传并非己出，乃其弟所予。桂儿娶妻成家后，不幸溺水而死。
李贽妻黄氏之墓在今晋江张园紫帽山脚下。（参见泉州历史网《泉州古墓·黄宜人墓》）
初入官场
中举
嘉靖卅年（1552年），李贽（ 时名李载贽）26岁，中福建乡試举人。
其自云：长大，还是糊里糊涂，不理解朱子的传注本意。自怪，想放弃不学，而没什么消遣度日，觉得纳闷。慨叹道：这不过是文字游戏罢了，只要抄抄凑凑混过主司就成了，主司哪能个个都通晓孔圣著作的精义。
中举后因经济困难，李贽不能再耐心拼得进士及第，即要求循例在政府中任职。
共城教谕、南京国子监博士
嘉靖卅五年（1556年），李贽30岁，出任河南共城（今辉县市）教谕。
共城任满后，嘉靖三十九年（1560年）34岁时升迁任南京国子监博士。数月后，父白斋病故于泉州，回乡守制。当时，正值倭寇攻城，他带领弟侄辈日夜登城击柝巡守，与全城父老兵民同仇敌忾。
北京国子监博士
嘉靖四十一年（1562年），三年守制期满，李贽携家眷进京候缺，教书10余月。
嘉靖四十二年（1563年）得缺，任北京国子监博士。
嘉靖四十三年（1564年），李贽38岁，次男在北京官邸夭逝。祖父竹轩讣告至，奔丧南返 。
上司和朋友据习俗，送给他相当丰厚的赙仪。他把全部款项分为两半：一半在他做过教官的河南共城县（今辉县市）购置几亩田产，把妻子黄氏和两个女儿留在河南，让她们耕作自食，自己只身回泉州奔丧。一半则由他自己携回泉州。
他所需要安葬的不仅是新去世的祖父，而且还有祖先三代的灵枢五口。曾祖父的灵柩已经停放了50年，按照风俗，安葬先人，必须讲求风水，选择吉地，以期后人飞黄腾达，否则宁可把灵枢长期停放。当时，李贽还在文官的下层中挣扎，环境逼迫他迁就现实，在可能的条件下一起埋葬，但求入土为安，不再作过高的奢望。
他妻子不愿意去家数千里无依无靠地独撑门户，而且她的母亲年轻居孀，历经辛苦，把她抚育成人，这时由于思念女儿，朝夕哭泣至于“双眼盲矣”。但是李贽手头款项毕竟有限，不可能在丧葬之外再携家往返，只能拒绝她一起返回泉州的请求。
未行前，共城官吏拦截漕河敲榨钱财，有人想代李贽求请几亩田用水，李贽不肯，说道： “吾安忍坐视全邑万顷，而令余数亩灌溉丰收哉!”这年果然大荒，李贽田地仅收数斛稗子。
回共城与妻子重新聚首
嘉靖四十五年（1566年），李贽守制满，回共城（今辉县市）。与妻子重新聚首，才知道 次女、三女已相继饿逝，伤痛不已，当晚与妻子“秉烛相对，真如梦寐”。 夏，大病。
白云寺诗碑
李贽重回共城（今辉县市）时，邓石阳正任卫辉府推官。
邓石阳， 又名邓林材，字子培，四川内江县人，嘉靖四十年（1561年）举人。邓石阳是李贽的朋友，“游荆楚遇李卓吾，上下古今多所参正”。李贽回泉州奔丧后，邓石阳曾给留在共城的李贽家眷以物质上的帮助。
在河南共城（今辉县市）时，李贽与赵永亨、陈荩、张士允、张士乐、傅坤避暑白云山中。秋天，邓石阳到山中访李贽，作诗唱和，刻石为碑，立于辉县市西25公里白云寺内。碑石横长13米，高0.56米。
诗碑有石阳 邓林材七言律诗一首，卓吾 李载贽五言律诗二首、七言律诗一首以及后记、跋语三段，王明斋七言律诗一首，李巽川五言律诗一首，总计有诗六首。字迹依稀与李贽手迹相似，可能为李贽所写（？）。现存《焚书》、《续焚书》所收李贽诗均为54岁以后的作品，此诗碑可补李贽诗文之缺，是研究李贽诗作的珍贵资料。
邓石阳七言律诗无题一首。跋：“早秋乘公务便访李卓吾白云山中，命韵得山字。”诗曰：“出城载酒访函关，十里肩舆度远山。谈道石床风韵寂，论心泉阁鸟声闲。桃源花绕迷归路，谷口烟浓拥去纶。我欲寻幽作新隐，禅堂深锁白云间。”落款：“石阳 邓林材。”
李贽五言律诗无题曰：“相访过山寺，题诗欲满山。野人惊瘦病，仙客喜开颜。落笔天将暮，举头叶可攀。行吟出树下，云在意俱闲。”落款：“卓吾 李载贽。”
李贽五言律诗《途中怀寺上诸友》曰：“世事何纷纷，教予不欲闻。出郊聊纵目，双塔在孤云。雨过山头见，天晴日未曛。骑驴觅短策，对酒好论文。”后记曰：“至山寺惟子中在，又与予偕病，勉强下棋。虽得水送酒，不敢进也。须臾，君宣从南来，我二人渐亦精彩，则用短述遣心云。”
李贽七言律诗无题一首，曰：“思君复自陟崔嵬，君独思君不顾回。一雨半犁堪种谷，三人两病懒登台。棋声忽应空山去，酒味欢从得水来。可是君宣寻到我，须臾为报洞门开。”后记曰：“时嘉靖丙寅（嘉靖四十五年，1566年），予偕诸友避暑山中，赵永亨字子吉，陈荩字予进，张士允字子中，张世乐字子善，既获嘉 傅坤，为六人之友。予为谁？即卓吾。”
王明斋七言律诗无题一首，曰：“五岳探奇兴有余，白云南卧即吾庐。泉中欲洗巢由耳，门外何劳长者车？是处青山应入梦，他年缘野可忘居。僧家莫道闲游览，安石苍生意未虚。”
李巽川五言律诗无题一首，曰：“楼阁依山寺，烟霞傍翠微。天清吟望阔，树密野人稀。欲跨乘风鹤，还怜钓月矶。况逢年契侣，潇洒共忘归。”李贽为跋曰：“王明斋和同年李巽川游白云二诗，因石工◇◇◇◇于石。然论其可传，则 明斋当首推也。卓吾跋。”
礼部司务
嘉靖四十五年（1566年），李贽携眷赴京，补礼部司务。
在礼部郎中徐用检等人诱导下，李贽开始接触当世理学家王守仁“致良知”学说，思想发生巨大变化。
十二月世宗崩，子载◇（上“后”下“土”合一字）继位，载贽为避讳，遂名李贽。
任职期间，他结识有革新精神的礼部尚书兼武英殿大学士张居正，以及刑部主事理学家李材，思想上受到一定影响。此时他又专心研读佛家经典。
隆庆三年（1569年），李贽结识著名学者焦竑。
南京刑部主事、员外郎、郎中
隆庆四年（1570年），李贽45岁，离北京，调任南京刑部主事，历升员外郎、郎中，前后８年，法平刑简。 8年中，与焦竑朝夕相处。
李贽阅读大量史籍，开始撰写评述古人的文章。同时，他对陆、王心学和道释二家的思想也进行深入研究和探讨，对佛学的信仰及对道家的认识更为深刻。
这时，他已彻底否定儒学独尊的地位，由于他的思想性格对封建礼教和理学持批判态度，往往和一般因循守旧的假道学格格不入，因此每每与上司有抵触。他在《感慨平生》（《焚书·卷4》）中说：“余唯不受管束之故，受尽磨难，一生坎坷；将大地为墨难尽写也。为县博士，即与县令、提学触；为大学博士，即与祭酒、司业触……司礼曹务，即与高尚书、殷尚书、王侍郎、万侍郎尽触也。最苦者，为员外郎不得尚书谢、大理卿董并注意。”
隆庆五年（1571年），李贽在南京刑部员外郎任上，偕陆中崔一道去访问时游南京的泉州永春人颜廷榘。颜廷榘遂作诗《李卓吾、陆中崔二法曹枉顾，即席志言二首》以记。其中一首曰：“一从为吏隐，犹自揖将军。岂期今夜月，复诵往时文。驿路经三晋，征袍带五音。那堪分手处，花落又纷纷。”（参见泉州历史网《泉州人名录·颜廷榘》）
隆庆五年（1571年），泉州惠安人、著名诗人黄克晦到南京访李贽，有《春日同陈山人、李比部、黄参军重过太平堤》诗1首：“湖上经过遍，重来兴自赊。半堤入春水，数里出桃花。举首怜山色，低头惜草芽。谁言游客子，处处可忘家。”临别，黄克晦又撰诗《留别李宏甫比部四首》相赠。（参见泉州历史网《泉州人名录·黄克晦》）
当时，御史耿定向在都城的南畿地方督学，倡导讲学。隆庆六年（1572年），李贽结识了耿定理、耿定向兄弟，并结为好友。
万历二年（1574年）12月20日，李贽作《子由解老序》。
姚安知府
就任
万历五年（1577年），李贽51岁，在做了二十多年小官后，离南京，出任云南姚安府（治所在今姚安县）知府。
黄克晦闻李贽由南京刑部郎中出任云南姚安知府，作《闻李比部宏甫出守姚安寄诗以别》诗。黄克晦曾多次造访李贽，赠李贽诗达13首之多。不过后来李贽对黄克晦有所误解，心生罅隙。（参见泉州历史网《泉州人名录·黄克晦》）
李贽上任途中，途经湖北黄安县（今红安县），拜访耿定理，因耿定理劝说，即把女儿和女婿庄纯夫留在黄安，跟从耿定理“学道”，自己则只带妻子黄氏前往赴任，约定三年任满即来黄安退隐。
李贽到姚安府后，在府衙楹柱上写了两副对联，作为自己的座右铭。其一：“从故乡而来，两地疮痍同满目；当兵事之后，万家疾苦早关心。”其二：“听政有余闲，不妨甓运陶斋，花栽潘县；做官无别物，只此一庭明水，两袖清风。”
在就任知府以前，李贽的官俸极为微薄，甚至不足糊口。只有在知府任上，才有了各项“常例”和其他收入，遂渐有所积蓄。
政绩
李贽政令清简，有时竟在佛寺里处置公事。在任三年一介不取，乐于清贫，“除俸禄外，了无长物”，而对于扶济民困、施行教化、抑制豪强、保护少数民族利益却尽心尽力。 “俸钱常喜赎民劳”，“府学颓圯，罄俸以营之；祀典缺废，弹力以致之。”
建连厂桥。姚安府地处滇中到滇西的要道处，往来车旅皆须过连厂乡，民众东来西往络绎于道。当时连厂河逢夏秋霪霖，洪流暴涨，舟楫难施，行者有漂没之患。李贽上任伊始，即用有限俸禄，“捐资聚石为桥，利行旅，通往来，以垂永久 ，”为双孔砖石大桥。后人追念李贽功绩，将此桥称为“李贽桥”，至今仍存。
主修城东火神街。姚安城内年年发生火灾，李贽亲自出衙巡视追究，发现是街上几十间木板壁民房相连所致，一家起火，殃及一街。当下，即提倡建房用砖垒砌，留有通道，楼房密集之地，开塘掘井，以备救火之用。自此，姚安城内再没有火灾发生。李贽离姚时，百姓倡议在城里建一座光明宫作为纪念，并把李贽发的告示刻在墙壁上。李贽亲笔撰写《光明宫记》，记叙建宫的原因经过。光明宫后废毁。
开办三台书院。德丰寺位于县城南正街德丰路，系三重堂古建筑群，由大门、过厅、两厢、正殿、两耳及地藏寺组成，为明·永乐初年始建，是街民百姓常来常往的地方。李贽常去德丰寺，许多人有冤情苦难都在这里向李贽倾诉，及时解决。李贽还把寺内禅堂改为“三台书院”，亲自上台讲学，“日集生徒于堂下，授以经义，训以词章”，传播中原先进文化。现德丰寺为县博物馆，辟为姚安历史文物陈列室。
以德化民。姚安是多民族聚居地区，李贽以安民养民为念，政令清简，提出“务以德化民，不贾市俗能声”和“至道无为，至治无声，至教无言”的治政方略，坚持“至人之治”，把教化放在重要位置，疏导启迪民智，对古称“蛮夷之地”的少数民族实行宽松政策。治姚三年，改变士风民风，各民族和睦相处，安居乐业，僚属、胥吏、士民以及少数民族首 领对他都十分尊敬。
李贽在姚三年，留下《光明宫记》、《论政篇》、《清莲寺》、《龙山说》等诗文，多被收入地方志。姚安因 李贽 这段宦游而名闻天下，被誉为“迤西文献名”。
当时的大理学者李元阳参赞评价李贽曰：“姚安太守古贤豪，倚剑青冥道独高。僧话不嫌参吏牍，傣钱常喜赎民劳。八风空景摇山岳，半夜歌声出海涛。我欲从君问真谛，梅花霜月正萧骚。”
任满辞官
李贽在姚安的主张和政绩，遭来上司的打击和排挤。正如他在《又书使通州诗后》所说： “吾之居哀牢，尽弃交游，独步万里，戚戚无欢，谁是谅我者？其时诸上官，又谁是不恶我者？”
万历八年（1580年），李贽三年任满，留簿书，封府库，求见巡按刘维侍御代他申报离任。李贽自言，他辞官是怕居官束缚，想以旁观者的眼光来审视日益衰落的明王朝的命运。
刘维恳切挽留，李贽逃入滇西鸡足山阅《藏经》不出。上司向朝廷奏请，才得辞官。
七月，李贽离任，成行之日，“士民攀卧道间，车不得发，囊中仅图书数卷而已 。”
早在嘉靖卅二年（1553年），泉州人赵恒（号特峰）也曾出任姚安知府；是年，李贽在京参加会试，不第。李贽十分崇敬赵恒，在姚安知府任内，亲自题写“乡贤名宦”匾，匾宽1.88米，高0.72米，横书，上款直书“特峰 赵公德政”，下款署“云南姚安军民府知府李贽立”。该匾原挂于泉州西街甲第巷赵氏宗祠。（参见泉州历史网《泉州人名录·赵恒》）
居留黄安
居留黄安
万历九年（1581年）春，应耿定理之邀，与黄氏到黄安，合家客居于耿家乡湖北黄安（今红安县）天台书院讲学论道，住耿定理家中充当门客而兼教师。李、耿两家的关系不同一般，后来李贽曾在《焚书·卷4·耿楚倥（耿定理）先生传》中很感激地说：“吾女吾婿，天台先生（耿定向）亦一以己女己婿视之矣。嗟嗟！余敢一日而忘天台之恩乎！”
耿定理兄弟四人，老大耿定向，耿定理是老二，老三耿定力，均为黄安的知名学者；还有一个弟弟。这时耿定向 的父亲去世不久，耿定理兄弟四个都在家里丁忧守制。
万历十年（1582年），李贽著《解老》二卷。
同耿定理的关系
耿定理和耿定向在论学上有尖锐的分歧，这也是李贽到黄安后，从女婿庄淳甫（黄氏墓碑作“庄纯甫”）那里知道的。耿家四兄弟中，李贽和耿定理的交往特别密切，并把他视为自己志同道合的“胜我之友”。有人就误以为他们两人在思想上比较一致，其实不然。他们之间的差异，较之李贽和耿定向的差异还要大得多。
耿定理天资聪颖，同时诚实。如他发现《四书》、《五经》中的理论和他自己的思想有所冲突，就不轻易放过，人云亦云。这种矛盾使他苦恼，也促使他思索，有时会独自一人在深山穷谷中徘徊。最后，他终于“豁然贯通”，确认儒家的仁就是无我，圣人就是把自我之有化而为无，进入寂灭境界，以致“无声无臭”。这种高悬空中的理想主义，只能深藏于内心，不能应用于现实，并发展而成为伦理和道德的标准。故在实际生活中，耿定理从没有应考也从没有做官。
然而李贽则认为：“穿衣吃饭，即是人伦物理。”无疑和耿定理的思想判若水火。他们之所以能和睦相处，不在于耿定理学术理论上的弹性，而在于他性格的柔和轻松。耿定理 常以禅宗式的机锋，避开辩论中的正面冲突，以表面上毫不相关的语言，来表示自己的意见，使辩论的对手在思索后被迫折服。因为他认为自己所掌握的真理，基于识见渊博；如果坚持片面的执拗，就等于放弃宽阔的胸襟。
因此，当耿定理在世之日，总能够用他特有的方式调解他长兄耿定向和李贽之间的冲突。但是，李贽居留黄安仅两年，万历十二年（1584年）7月23日，耿定理病逝。
与耿定向的意见冲突
李贽既是耿定向的朋友，也是耿定向的论敌。
耿定向（1524─1596年），号天台，字在伦，又号楚侗，嘉清廿五年（1556年）进士，曾任都察院左副都御史、刑部左侍郎、户部尚书等职，是明朝有名的理学家，属泰洲学派。
思想史上，耿定向最易为历史学家所误解。李贽把他说成伪君子，而黄宗羲的《明儒学案》也指他思想上前后不符。然则少有人能看到，耿定向并不属于正统的理学派，而是和李贽同属心学派中的泰州学派。耿定向同样是在竭力探求一种既有形而上的根据，又能融合于日常生活的真理。
耿定向接受佛家和道家的哲理，认为至善至美属于虚无；但另方面，却又认为任何信条如果不能在愚夫愚妇面前宣讲明白，则不成其为信条。经过多方考虑，他提出，人的理智有深有浅，有粗有细，有的集中，有的分散；在社会生活中，政治与农业不同，农业又与商业不同。基于这样的分析，他已经开始指出了伦理道德的理，应当与物理、地理的理有所区别，因此施政的标准也应当与哲学思想有所区别。
这种理论，为当时持一元论宇宙观者所不能接受。他和李贽的冲突也无可避免，因为两个人都准备把自己的理论体现于行动之中。于是李贽指斥耿定向不诚实，言行不一；耿定向则指斥李贽以立异为标榜，立异的目的还是立异，所谓放浪形骸，无非为博取超凡脱俗美名。
万历十二年（1584年，耿定向被召回北京任左佥都御史。耿定向一向“自负孔、孟正脉”，李贽与耿定向的道学观点不同，不久两人决裂。
李贽随即公布了他写给耿定向的函件，指斥他的虚伪。
耿定向以眼还眼，如法炮制，也把他写给另一位朋友的信广为抄传，信上说：“昔颜山农（颜钧）于讲学会中忽起就地打滚，日：‘试看我良知！’士友至今传为笑柄。”在这一似乎是漫不经意的开场之后，他跟着就指出，李贽的种种古怪行为，无非是就地打滚之意，目的在于不受拘检，参会禅机。但是耿定向又不无恶意地提到，李贽曾经强迫他的幼弟狎妓，还提到李贽有一次率领僧众，跑到一个寡妇的卧室里化缘。耿定向屡次写信切责李贽 “超脱”，发动门生群起攻之，把李贽比之为异端。多年以后，他还认为这是耿定向有意识地给他以个人侮辱。
于是二人在书信来往中互相论战。
这种指责促使李贽10月到麻城寻新居所。数日后回黄安，作《答耿中丞》。
万历十四 年（1586年），李贽作《答耿司寇》，对耿定向的攻击作出答辩。除了关于寡妇的事件以外，他对自己的不拘形迹毫不掩饰。最值得注意的是他对“就地打滚”的评论。他说，他从来没有听到过这一故事，如果真有这件事，只能证明颜山农确实参透了“良知真趣”。他又说：“世间打滚人何限？日夜无休时。大庭广众之中，谄事权贵人以保一日之荣；暗室屋漏之内，为奴颜婢膝事以幸一时之宠。无人不滚，无时不然，无一刻不打赢。”当一个人真能领悟到打滚的真趣，则另有境界，此即“当打滚时，内不见已，外不见人，无美于中，无丑于外，不背而身不获，行庭而人不见，内外两忘，身心如一。难矣，难矣！”他认为耿定向的耻笑无损于颜山农，“即千笑万笑、百年笑千年笑，山农不理也。何也？佛法原不为庸众说也，原不为不可语上者说也，原不以恐人笑不敢说而止也。”
他和耿定向的辩论，促成和巩固了他要求个人自由的信念。多年之后，他仍把这次辩论视为生命中一个重要的转折点。
耿定力
在后来有关李贽和耿定向两人论战的史料中，没见提及耿定力，估计当时是持中立态度。
万历十七年（1589年），李贽之妻黄氏逝世，时任钦差提督学校福建按察司副使的耿定力 为黄氏撰写《诰封宜人黄氏墓表》。当时，耿定理已逝世四年，而耿定向尚健在，但耿定力 于墓表中在言及李贽的生前好友时说：“周子礼、焦弱侯、先仲子庸（耿定理字子庸）及予（耿定力）咸兄事卓吾。”不肯提及曾对李贽一家的生活给予热情关照的大兄耿定向，其原因是不言而喻的。
由此看来，在耿氏兄弟中，耿定力对李贽的感情和态度，与其二兄耿定理比较一致。
流寓麻城
初住维摩庵
万历十三年（1585年）3月，李贽将妻子黄氏和女儿、女婿庄纯夫留在黄安，只身迁居麻城 县(今湖北麻城市)，住维摩庵，过着半僧半俗的“流寓”生活。
迁龙潭湖芝佛院
不久，李贽又迁移麻城阎家河镇北部的龙潭湖芝佛院，读书、参禅。
“公安三袁”之一的袁中道《李温陵传》纪录李贽当时情况，说：“所读书皆钞写为善本，东国之秘语，西方之灵文，《离骚》、马（司马迁）、班（班超）之篇，陶（陶渊明）、谢（ 谢灵运）、柳（柳宗元）、杜（杜甫）之诗，下至稗官小说之奇，宋、元名人之曲，雪藤丹笔，逐字雠校，肌襞理分，时出新意。其为文不阡不陌，摅其胸中之独见，精光凛凛，不可迫视。诗不多作，大有神境。亦喜作书，每研墨伸楮，则解衣大叫，作兔起鹘落之状。其得意者亦甚可爱，瘦劲险绝，铁腕万均，骨棱棱纸上。”
是年，作《与耿司寇告别》。
万历十四年（1586年），作《答耿司寇》。脾病转甚。是年，麻城大水成灾，作《复邓鼎石》。
万历十五年（1587年），李贽令女婿庄纯夫（庄纯甫）和女儿送妻子黄氏回泉州，只身留在麻城县。不久，投奔麻城周家，依靠周思敬和周思久。
剃发为僧
万历十六年（1588年），李贽来到阎家河，住进龙潭湖芝佛上院，更为重视自己的独立不羁。假道学攻击他是异端，他便剃发留须，故意摆出一副异端面目，只同知已在青灯古佛下讲学论道。
芝佛院原称芝佛寺，它不是正式的寺庙而仅仅是私人的佛堂，但规模却颇为宏大，院中有正殿、左右厢房，还有和尚的宿舍和客人的招待所。李贽到芝佛寺后，在寺中读书讲学，遂称芝佛寺为芝佛院。芝佛院分上院和下院，上院是李贽及僧徒住处，下院是讲学的地方。在芝佛院的鼎盛时期，全院有僧侣40余人，统率众僧的方丈则是李贽的朋友。僧众中有人还带着徒弟、徒孙。
芝佛院始终没有向政府登记，没有领到正式执照，因之也没有向政府纳税。它不属于任何宗派，也没有董事会的管制。李贽是全院唯一的长老及信托老。其创建和维持的经费，绝大部分来自他一人向外界的捐募。他常常写信给朋友，要求得到“半俸”的援助，或者以“三品之禄，助我一年”。有的朋友，周济他的生活前后达20年。他过去没有经历过富裕的生活，但在创建佛院之后，却没有再出现过穷困迹象。
落发的原因：
一是李贽认为 已经按照儒家的伦理原则完成了对家庭应尽的一切义务，他的环境已经允许他抛却呆板、拘束的生活，得以寻求个性的自由发展。李贽在《焚书·卷2·与曾继泉》说： “其所以落发者，则因家中闲杂人等时时望我归去，又时时不远千里来迫我，以俗事强我，故我剃发以示不归，俗事亦决然不肯与理也。又此间无见识人多以异端目我，故我遂为异端以成彼竖子之名。兼此数者，陡然去发，非其心也。”
二是为了摆脱地方官的牵制。按本朝习惯，退休官员称为“乡官”，意味着仍然具有官员身分，要受地方官的节制。地方官可以邀请他协助处理有关的事务，也可邀请他参与重要典礼。这种权利和义务，在别人或许引以为荣，而在李贽则是精神上的压力。他说：“弃官回家，即属本府本县公祖父母管矣。来而迎，去而送；出分金，摆酒席；出轴金，贺寿旦。一毫不谨，失其欢心，则祸患立至。”《焚书·卷4·豫约·感慨平生》又云：“故兼书四字（指“流寓客子”），而后作客之意与不属管束之情畅然明白，然终不如落发出家为愈。盖落发则虽麻城本地之人亦自不受父母（指地方官）管束，况别省之人哉！”
实际上，李贽的落发乃出于不得已而为之，事后，他在《哭黄宜人》诗中，对“缘余贪佛去，别汝在天涯”而内疚不已。在《焚书·卷2·与曾继泉》中，劝告友人曾继泉不要轻易落发出家，尤其是已有家眷者更须慎重：“闻公欲薙发，此甚不可，公有妻妾田宅，且未有子。未有子，则妻妾田宅何所寄托；有妻妾田宅，则无故割弃，非但不仁，亦甚不义也……我当初学道，非但有妻室，亦且为宰官，奔走四方， 往来数万里，但觉学问日日得力耳。后因寓楚，欲亲就良师友，而贱眷苦不肯留，故令小婿、小女送之归。然有亲女、外甥等朝夕伏持，居官俸余又以尽数交与，只留我一身在外，则我黄宜人虽然回归，我实不用牵挂，以故我得安心寓此。”“如公壮年，正好生子，正好做人，正好向上。……何必落发出家，然后学道乎？我非落发出家始学道也。千万记取！”
万历十六年（1588年），李贽的第一部著作《初潭集》编纂出版。他在《初潭集·自序》 中说：“《初潭》者何？言初落发即纂此，故曰《初潭》也。” 同年开始编辑《藏书》、《焚书》、《说书》。在此期间，李贽还对许多小说、戏剧如《水浒传》、《西厢记》、《琵琶记》等进行了批点。
另据《麻城县志》记载，继《初潭集》之后，李贽还出版了《二潭集》，可惜和《说书》一样，早已失传。
黄氏病逝
万历 十六 年（ 158 8 年） 闰六月初三 ， 李贽 之妻 黄氏 在泉州 病逝 。 黄氏 临死前，曾多次要 李贽 回泉州 ， 李贽 均不作考虑 。 时 李贽 及其婿 庄纯夫 均在湖北麻城，由其女料理丧事。 黄氏 逝世后， 李贽 闻讣约在七月间， “ 讣闻 ， 卓 吾 不为恸。 ” 但 撰写《哭 黄 宜人》五言绝句 6 首 、 《忆 黄 宜人》 2 首，并撰 黄 宜人墓碑碑文交 庄纯夫 带回镌石。
黄氏 死后， 钦差提督学校福建按察司副使 的 耿定力 拨银八两为镌石助葬之资 ，并为 作 《诰 封宜人 黄氏 墓表》 曰：
“卓吾壮岁学道，求友四方，每有会意，欣然卜居，忘其为闽人。初居百泉，已居秣陵，晚而居楚，宜人从焉……
迨卓吾官尚书郎至太守，称贵显矣，宜人甘织勤，同女奴杂作。卓吾艾年拔绂，家无田宅，俸余仅仅供朝夕。宜人甘贫，约同隐深山。卓吾乐善好友，户外履常满，宜人蚤夜治具，无倦容。卓吾轻财好施，不问有余，悉振人之急，宜人脱珥推食无难色。卓吾以师道临诸弟甚庄，宜人待娌姒如同胞，抚诸从若己出。
贤哉宜人，妇道备矣，而卓吾尝曰：‘是妇也，惠则惠矣，未知道也。’ 盖宜人举四子不育，仅一女适庄生凰文，蒸尝之事不能遣诸怀，虽从夫君寓四方，时时念在首丘，而卓吾则达乎此矣。夫生而志四方，图不朽，丈夫事也。 黄宜人之惠，妇道备矣！
万历丁亥岁（1587年），宜人率其女若婿自楚归，而卓吾尚留楚。宜人念其夫在远方，郁郁不怿。越戊子(1588年）闰六月三日卒于家。庄生先期如楚省卓吾，独其女含敛。讣闻，卓吾不为恸，而友卓吾者忉怛不胜。
庄生以是年季冬十八日葬宜人于城南之张园。予适董闽学政，扬幽阐懿 ，职也，述所闻而表其墓石。
万历戊子季冬吉。”
《墓表》由赐进士第、嘉议大夫、都察院右副都御史庄国祯书丹，赐进士出身、翰林院国史修撰庄履丰篆额。（参见泉州历史网《泉州人名录·庄国祯、庄履丰》）
李贽和黄氏先后有四男三女，但仅存一女，故黄氏常因“蒸尝之事不能遣诸怀”。但 李贽对此却无所谓。李贽《初潭集·夫妇篇》认为：“有好女子便立家，何必男儿？”“人亦何必不女，人之父亦何必以女女之乎？若但好名，将安用之？”袁中道《李温陵传》（见载于李贽《焚书》）也说李贽“虽无子，不置妾婢”。
李贽的族人便在泉州为李贽立了个继子李四官，但关系一般。与李贽关系比较密切，且在 李贽家庭生活中充当重要角色的，倒是他唯一的女婿庄纯甫（又作庄纯夫、庄淳甫）。
据清·光绪丁未（1907年）抄本晋江《青阳庄氏族谱》记载：“凤文，字纯夫，号鲲游。第荣行乙百二十一，用晦公次子。生大明·嘉靖庚戌（1550年）八月十四，河南卫辉县庠生，卒万历甲寅（1554年）正月廿四日。配李氏，谥恭懿，知府载贽 李卓吾公之女，生嘉靖甲寅 (1554年）七月十七日，卒万历丙午（1606年）十二月十八日。今查葬晋江卅一都东昌乡。子祖耳，生员；宗耳；胤耳。”
自结婚后，庄纯甫大都跟随在李贽的身边，一起宦游各地。万历十五年（1587年），庄纯甫遵李贽之命护送黄氏母女回泉州。黄氏逝世时，庄纯甫正在湖北麻城伴随李贽，其继子不知是已脱离了关系，或是早逝，竟“独其女侍含敛”。
闻讣后，李贽没有回家。庄纯甫即受李贽之托，匆忙赶回泉州，以女婿的身份，为岳母营墓立碑。李贽特地吩咐庄纯甫，在为其岳母黄氏营墓时仅造单圹，自己存客死他乡之念；并为 黄氏墓碑手书“李卓吾妻黄氏之墓”，特地落款“卓吾老子书”。（参见《泉州历史网·泉州古墓·黄宜人墓》）
对于妻子黄氏的逝世，李贽的心情是十分悲痛的，曾作诗《哭黄宜人》六首、《忆黄宜人》二首，说黄氏“慈心能割有，约已善治家”，其真挚的感情，溢于字行之间。
后来李贽在《焚书·卷2·书答·与庄纯夫》中说：“相聚四十余年，情境甚熟，亦犹作客并州既多时，自同故乡，难遽离割也。夫妇之际，恩情尤甚，非但枕席之私，亦以辛勤拮据，有内助之益。若平日有如宾之敬，齐眉之诚，孝友忠信，损己利人，胜似今世称学道者徒有名而无实，则临别尤难割据也。何也？情爱之中兼有妇行、妇功、妇言、妇德，更令人思念耳，尔岳母黄宜人是矣。独有讲学一事不信人言，稍稍可憾，余则皆今人所未有也。我虽铁石作肝，能不慨然！况临老各天，不及永诀耶！已矣！已矣！”
又说：“自闻讣后，无一夜不入梦，但俱不知是死。岂真到此乎？抑吾念之，魂自相招也？……尔岳母平日为人如此，决生天上无疑．须记吾语，莫忘却，虽在天上，时时不忘记取，等我寿终之时，一来迎接，则转转相依，可以无错矣。”
出版《焚书》
万历十八年（1590年），《焚书》（意为不容于世，早晚必将付之一炬）在麻城刻印出版 。李贽和梅国桢过从甚密，梅国桢为《焚书》作序。
《焚书》的问世，直接把矛头指向孔子，猛烈抨击宋、明程、朱理学。《焚书》中还收有与耿定向论战的几封书信，揭露了耿定向的伪道学，因而受到耿定向一派的迫害。
此时耿定向正好告病回乡，立即写了《求儆书》，指责李贽的“异端”思想，诬蔑李贽使“后学承风步影，毒流万世之下”，说他和李贽的论战是“为天下人争所以异于禽兽者几杀界限耳”。甚至心怀险恶地鼓噪“昔夫子得子路，恶声不至于耳”，唆使他的门徒和理学家们围攻李贽。
河南光山蔡弘甫也向李贽发难。蔡弘甫是耿定向的忠实门徒，万历廿九年（1601年）进士，官至礼部右侍郎。他一方面为耿定向《求儆书》作序，一方面抛出《焚书辩》，对李贽进行诽谤和诬陷。
黄州府的太守和一个姓王的兵宪还派兵追捕李贽，虽然直至现在仍无法查出他们的名字。
万历十九年（1591年），李贽到武昌游览，在黄鹤楼遭一伙流氓无赖的围攻，很显然，幕后主使人就是耿定向。
但是在万历廿年（1592年），“公安三袁”袁宗道、袁宏道、袁中道却到龙潭湖访问李贽，作《柞林纪潭》。万历廿二年（1594年），李贽还收安徽新安汪本钶（字鼎甫）为弟子。
李贽与耿定向的争论，在当时传播媒介还很落后的中国，却迅速地扩散了开来，并引起巨大反响。管东溟说：“好事者……以天台师与李卓吾之对立，引以为话柄，传唤四方。”
朝廷中，一部分官员支持耿定向，另一部分官员则为李贽辩护，水火不相容。周思敬侍郎作为李贽的朋友，也是耿定向的朋友，调停于两派之间，以求息事宁人。但这种调停并不能解决两派思想路线的分歧。
先后保护过李贽的，有总督 (如原任云南洱海道佥事顾养谦后来任蓟辽总督，又如漕运总督刘东星) 、巡抚( 如大同巡抚梅国帧）、御史 (如马经纶) 、待郎(如周思敬，刘东星亦曾任吏部右侍郎)、新科状元(如焦竑，于万历十七年殿试第一) ；“己亥庚子间”(万历27年至 28年间) ，朝廷中崇拜李贽而时常在一起聚会的官员有“楚中袁玉潘太史(袁宗道) ，同弟中郎(袁宏道)，与浣上吴本如，蜀黄慎轩，……浙中陶石蒉(陶望龄)”等人。他们“旬月必有会”以至“高明士夫，翕然从之”。由此可见，李贽的思想不仅在与他同辈的高级官员中，而且更在相当多的一批年轻官员中，有着广泛的影响和共鸣。
亦僧亦儒的生活
李贽住在龙潭湖十年，过着亦僧亦儒的生活。每日闭门下键，读书著述，淡泊简束。
李贽虽然身入空门，却没有受戒，也不参加僧众的唪经祈祷。他喜爱清洁成癖，衣服一尘不染，经常扫地，以至“数人缚帚不给”。在很多方面，李贽仍保持着官僚学者的生活方式。例如，即使是短距离的外出，他仍然乘轿；对于书本不愿亲自阅读，而让助手朗诵以省目力。
李贽在《豫约·早晚山门》中说：“山门照旧关锁，非水火紧急，不得擅开；非檀樾 为烧香礼拜来者，不得擅开。若为看境而来，境在湖上之山，潭下之水，尽在上院山门之外，任意请看，不劳敲门与开门也。远者欲做饭吃，则过桥即是柳塘先生（即周思久）祠，看祠有僧，来客可办柴米，令跟随人役烧茶煮饭，彼中自有锅灶，亦不劳扣门矣。”
在《焚书·卷6·读书乐并引》曰：“余盖有天幸焉。天幸生我目，虽古稀犹能视细字。然犹未为幸也。天幸生我性，平生不喜见俗人，故自壮至老，无有亲宾往来之扰得以一意读书。天幸生我情，平生不近家人，故终老龙湖，幸免俯仰逼迫之苦，而又得以一意读书。……天幸生我大胆，凡昔人之所以忻艳以为贤也，余多以为假；多以为迂腐不才而不切于用；其所鄙者、弃者、唾而骂者，余皆以为可托国托家而托身也。”
“公安三袁”之一的袁中道《李温陵传》纪录李贽当时情况，说：
“所读书皆钞写为善本，东国之秘语，西方之灵文，《离骚》、马（司马迁 ）、班（班固）之篇，陶（陶渊明）、谢（谢灵运）、柳（柳宗元）、杜（杜甫）之诗，下至稗官小说之奇，宋、元名人之曲，雪藤丹笔，逐字雠校，肌襞理分，时出新意。其为文不阡不陌，摅其胸中之独见，精光凛凛，不可迫视。诗不多作，大有神境。亦喜作书，每研墨伸楮，则解衣大叫，作兔起鹘落之状。其得意者亦甚可爱，瘦劲险绝，铁腕万均，骨棱棱纸上。”
“自称‘流寓客子’。既无家累，又断俗缘，参求乘理，极其超悟，剔肤见骨，迥绝理路。出为议论，皆为刀剑上事，狮子迸乳，香象绝流，发泳孤高，少有酬其机者。”
李贽不喜俗客，客人未先知照而来，就令他远坐；但对意气相投的客人相接甚欢。在龙潭湖，与他过从甚密，读书论学的好友，有南京焦竑、山西刘东星、北京马经纶、安徽新安汪本钶、黄梅汪可爱、公安袁宗道、袁宏道、袁中道、麻城周思久、周思敬、梅国桢、僧无念、丘坦之、杨定见，还有周柳塘、邱长孺、周友山、道一等。尤其是麻城几位好友，长期在一起“ 闭门下键，日以读书为事”。“公安三袁”兄弟三人到龙湖，竟一住三个月。听他讲学的 还有士子、樵夫、丈夫、女子。
李贽还常往来商城黄柏山，讲学花潭书院。《商城县志·流寓》 载：“李贽，号卓吾 ，福建温陵（泉州）人，自建龙湖（芝佛院），与无念禅师为友，往来黄柏山，常讲学花潭书院。”黄柏山是大别山的一脉，据《固始县志》载：“灌水发源于商城大苏山，因产黄柏，一名黄柏山。”无念禅师在黄柏山创建法眼寺。李贽是无念禅师的好友。李贽讲学的花潭书院，一说在黄柏山上，一说在商城城内。
作遗书
万历廿四年（1596年），李贽70岁，作遗书，题名为《豫约》。其中提到：“李四官（他的家族不顾他的愿望，指定作为他的继承人的侄子）若来，叫他勿假哭作好看，汝等亦决不可遣人报我死。”
同年，在龙潭湖作《读书乐》曰：“天生龙湖，以待卓吾；天生卓吾，乃在龙湖 ；龙湖卓吾，其乐何如？四时读书，不知其余。读书伊何？会我者多。一与心会，自笑自歌；歌吟不已，继以呼呵，恸哭呼呵，涕洒滂沱。歌匪无因，书中有人；我观其人，实获我心。哭匪无因，空潭无人；未见其人，实劳我心。弃之莫读，束之高屋。怡性养神，辍歌送哭。何必读书，然后为乐？乍闻此言，若悯不谷。束书不观，吾何以欢？怡性养神，正在此间，世界何窄，方册何宽！千圣万贤，与公何冤！有身无家，有首无发；死者中身，朽者足骨。此独不朽，原与偕殁；倚啸丛中，其声振鹃。歌哭相从，其乐无穷！雨阴可惜，曷敢从容。”
驱逐未果
万历廿四年（1596年），湖广按察司佥事史旌贤扬言要以“大坏风化”的罪名把李贽逐出麻城。仅仅因为李贽的朋友很多，而且大多是上层人物，这位道台才不敢造次，只是放出风声要对他依法处理。
李贽对恐吓置若罔闻，于是史旌贤又声称芝佛院的创建没有经过官方批准，理应拆毁。李贽答辩说，芝佛院的性质属于私人佛堂，其创建“又是十方尊贵大人布施俸金，盖以供佛，为国祈福者。”
答辩既合情合理，再加上知名人士从中疏通，史旌贤没有再别生枝节，而李贽则自动作了一次长途旅行，离开麻城前后约计4年。
四年长途旅行
万历廿四年（1596年）秋，李贽应吏部右侍郎刘东星邀，离开麻城，到山西上党沁水坪上村。著《明灯道古录》。
万历廿五年（1597年）五月，应大同巡抚梅国桢之邀抵大同。在大同期间，李贽修订《藏书》、编著《孙子参同》。秋，离开大同。
九月，到北京，寓居西山极乐寺。作《净土决》三卷。
李贽作《九日至极乐寺闻袁中郎（袁宏道）且至因喜而赋》曰：“世道由来未可孤，百年端的是吾徒。时逢重九花应醉，人至论心病亦苏。老桧新枝喧暮鹊，西风落日下庭梧。黄金台上思千里，为报中郎速进途。”
李贽作《极乐寺大雨雪》曰：“万国衣冠共一新，婆娑独占上方春。谁知向阙山呼日，正是花飞极乐辰。寂寂僧归云际寺，溶溶月照陇头人。年来鬓发如刀落，欲脱尘劳却惹尘。”
万历廿六年（1598年）春，离京，夏初偕翰林修撰焦竑到南京。寓居永庆寺伽兰殿。
万历廿七年（1599年），利玛窦北上来到南京 。
利玛窦是意大利马切拉塔城人，1582年奉耶稣会之命，到澳门研习中国语言和文献。他穿上长袍宽带的儒服，努力学习儒家经典。几年光阴，利玛窦不仅能熟练地运用汉语，还能引经据典与士大夫们谈玄论道，同时他还带来了西方的宗教、哲学和科学，使得中西文化第一次发生了实质性的接触。时人呼之为“利夫子”。远在湖北的李贽也久闻利玛窦的大名。李贽《续焚书》中这样形容利玛窦：凡我国的典籍无所不读，于中国的学问也是多方求教，“今尽能言我此间之言，作此间之文字，行此间之仪礼。”
不肯轻易谒见达官显贵的李贽，这一次却三见利玛窦。首次是亲自登门拜访，出于敬意， 李贽还送给利玛窦两把扇子，上面有他亲笔所题的两首小诗。李贽和利玛窦畅谈宗教许久，但李贽对于天主教只是说它是好的，不肯讨论也不肯辩驳，持保留态度。
李贽对利玛窦所作的《交友论》倍加赞赏，命人誊录了几份，加上自己的按语，寄回湖北予以传播。冯应京在湖广读到了李贽传抄散发的利玛窦的《交友论》，欣然为之作序刊刻。其 序言所云“东海西海，心同理同”，成为至今传诵的名言。
万历廿七年（1599年），《藏书》 在南京刻印出版，一时“海内是非之口纷如”。“藏书”意为有干时议，必须藏之名山。李贽对这部书自视甚高，称之“万世治平之书，经筵当以进读，科场当以选士，非漫然也”，并且预言“千百世后”，此书必行。
万历廿八年（1600 年）农历3月21日，李贽随刘东星到济宁漕署。完成《阳明先生道学钞》、《阳明先生年谱》的编录。是年，适逢利玛窦进北京朝觐万历皇帝，途经济宁，拜访李贽 。在刘东星主持下，两人再次会面。这次谈话持续了整整一天，不过主角是刘东星，两人的交流未能再作更深一步的探讨。
时任山东左布政使的泉州人黄克缵曾遣吏致书及礼物问候李贽。其《柬李卓吾》云：“某生也晚，尝从乡荐绅闻老先生二千石五马而隐于禅宗法门，闻其所论著，骎骎乎轶大士、如来而上之，出其余绪，犹能上下古今，贯穿史册，类为《藏书》，托之褒贬，使操觚之士，奉为司南，信灵根之最慧，而秀气之独钟者也……”信中称李贽为“至人”。（参见泉州历史网《泉州人名录·黄克缵》）
芝佛院纵火案
万历廿八年（1600年），李贽回到麻城龙潭湖。
逐出麻城
耿定向余党及原是李贽友人的梅国桢，暗中造出“僧尼宣淫”的谎言，怂恿黄安县、麻城县一带士大夫“逐游僧、毁淫寺”。
在芝佛院，李贽曾写下七绝《元宵》：“元宵真是可怜宵，独对孤灯坐寂寥。不是斋居能养性，嗔心几被雪风摇。”
是年，冯应京接任湖广佥事，以“维护风化”之名，与麻城县韩佥可，指使歹徒纵火毁掉了芝佛院，又毁坏李贽预为藏骨的墓塔，并下令搜捕李贽，连李贽的门人弟子都要绳之以法。
其实，从思想观念上看，冯应京在许多问题上并非是正统道学家。他在黄宗羲的《明儒学案》中被列为江右王门的最后一位学者。他的思想与李贽亦有许多一致之处。
李贽提倡经世致用的“实学”，冯应京亦以“学求有用，不事空言，为淮西士人之冠”。李贽重视工商业，冯应京在其《月令广记》中亦讲“工商皆本”。李贽注重军事，关心国防，冯应京亦慨然有从戎之志。李贽虽然削发当了和尚，但却不肯站在佛教徒一边反对刚刚传入的基督教，反而与西方传教士利玛窦成了好朋友，帮助利玛窦宣传基督教伦理，而冯应京正是在湖广才读到了李贽传抄散发的利玛窦的《交友论》，欣然为之作序刊刻。李贽与冯应京都是利玛窦的好朋友。
但是，在湖北，冯应京作为由朝廷派到地方上去任职的省级官员，必须依靠地方上的豪绅地主来维护县以下城乡社会的秩序。而黄、麻一带的官绅被李贽骂过的并不在少数，这些人散布有关李贽的桃色新闻，说他伤风败俗。加上冯应京本来就视佛教为异端，而李贽又是一个弃官削发出家之入，这一切，激发了冯应京维护礼教、抵排异端的一腔 “正气” ， 他不能容忍 李贽 对礼教的批判，于是便利用职权，策动了迫害李贽的行动。
在好友杨定见、马经纶的帮助下，李贽得以脱身离开麻城，时年74岁。李贽曾自我辩解地说“自五十六岁以至七十四岁，日日如是而已。关门闭户，著书甚多，不暇接人，亦不暇去教人。”
冯应京其人
冯应京是赫赫有名、被东林党人引为同道、只因早死而未能荣登后来的“东林党人榜”的人物。冯应京也是晚明不可多得的杰出人物，一位具有很多新思想的人物，一位对于晚明西方基督教在中国的传播起过重要作用的人物。
冯应京，字可大，号慕冈，嘉靖三十四年五月二十日（公元1555年6月8日）生于凤阳府盱眙县（今属江苏省），其父冯世登官广东顺德训导，故从小随父在广东。八岁时其父卒于官，随母伶仃归里。他从小接受的是程、朱理学的教育。万历二十年（1592年）进士，在吏部任职。同年秋，他以母老请假回家。次年，其母病逝。回想起母亲为了培养他读书做官而整整守寡 30年的痛苦历程，应京十分悲痛。遵照《周礼》规定，在他母亲去世后的三年中，他每天头枕土块睡在草苫上，三年不食肉，并且三年不进妻妾的房门。据《明儒学案》记载，他的老师是那位曾经因攻击内阁首辅张居正而被廷杖打瘸了腿的著名的东林党人邹元标。
晚明商品经济发展，使万历皇帝也要积攒自己的小金库，便派太监到各地去充当税使。派到湖广的太监陈奉“播恶楚中”，民怨沸腾，屡次发生武昌和汉阳的市民围攻陈奉税署的事件。朝廷恐湖北的事态扩大，于万历二十八年擢冯应京为湖广按察司佥事，职司兵备，分巡武昌、汉阳、黄安三府，以便随时对可能发生的市民暴动加以镇压。
冯应京到湖北，了解到陈奉的种种罪恶，便在他所管辖的武昌、汉阳、黄安境内捕治 陈奉 的爪牙，并且上疏万历皇帝，列举陈奉违旨诈赃、杀人无数、聚盗耀兵、僭妄无君等九大罪状。这件事使冯应京在湖北人民中享有崇高威望。
然而，冯应京在湖北也干了一件大坏事，就是迫害李贽。
冯应京显然违背了万历皇帝派他去湖北的初衷：派他去湖北是要他去镇压人民，而他却反过来为人民说话，严重地干扰了税监陈奉为皇上聚敛私人财富的行动。在他迫害李贽的事件发生不久，龙颜震怒，以抗挠凌辱钦使的罪名，先将冯应京降职，进而又将其削职为民，再进而又传旨派提骑从北京直驰武昌捉拿冯应京押送京城治罪。
万历二十九年四月二十八日，当驰抵武昌的缇骑给冯应京穿上囚服锁入槛车向北京进发时，武昌市民相率呼号，喧聚庭道，使囚车不能行进。税监陈奉便派人到大街上去贴出告示，宣布冯应京的罪状。这更是火上加油，引发了武昌的数万民众围攻陈奉公署的事件。直到天黑，由坐在囚车中的冯应京亲自向市民们“晓以大义”，拦截囚车的民众才惭惭散去。
万历二十九年九月二十三日，冯应京被用槛车从湖广一路押送到北京，万历皇帝下令将他送镇抚司“著实打问”。直到万历三十二年九月乙丑 (1604年10月10日)发生客星之变，皇帝惊恐，数日后下旨释放诸囚，冯应京才被释放，回到如今的江苏洪泽湖畔的盱眙故里，此后仅过一年多，在1606年的2月26日( 万历三十四年正月二十) 冯应京就病死了，年仅52岁。
梅澹然
芝佛院纵火者据说乃是当地官吏和缙绅所指使的无赖，真相虽始终未能水落石出，但却肯定与下面的一个重要情节有所关联。
李贽在麻城的支持者梅家，是当地数一数二的大户，家族中的代表人物梅国桢又正掌理西北军事。
梅据说有一个孀居的女儿梅澹然曾拜李贽为师，梅家的其他女眷也和李贽有所接触。这种超越习俗的行为，引起众人侧目。但李贽对舆论不加理睬，反而毫无顾忌地对澹然和她的妯娌大加称赞。
他和她们往来通信，探讨学问。他著作中所提到的“澹然大师”、“澄然”、“明因”、“善因菩萨”等等，就是这几位女士。他说：“梅澹然是出世丈夫，虽是女身，男子未易及之。”又说：“此间澹然固奇，善因、明因等又奇，真出世丈夫也。” 他在著作中，理直气壮地辩解自己和她们的交往完全合于礼法，毫无“男女混杂”之嫌，但又不伦不类地写下了“山居野处，鹿麋犹以为嬉，何况人乎”这些话。他把澹然比为观世音，并把和这几位女士谈论佛学的文稿刊刻，题为《观音问》。
他还有一首题《绣佛精舍》的诗：“闻说澹然此日生，澹然此日却为僧。僧宝世间犹时有，佛宝今看绣佛灯。可笑成男月上女，大惊小怪称奇事。陡然不见舍利佛，男身衰隐知谁是？我劝世人莫浪猜，绣佛精舍是天台。天欲散花愁汝着，龙女成佛今又来！”
写作这些诗文函件的时候，李贽已年近七十，而且不断声称自己正直无邪，但是这些文字中所流露的挑战性，无疑为流俗和舆论所不能容忍。反对者举出十余年前李贽狎妓和出入于孀妇卧室的情节，证明他的行止不端具有一贯性；对这种伤风败俗的举动，圣人之徒都应该呜鼓而攻之。
地方官的卫道
事情还有更为深刻和错综的内容。
李贽的这种行动，高级官僚固可视为怪僻而不必和公共道德相联系，但下级地方官则不能漠然置之。
因为他们负责基层的行政机构，和当地绅士密切配合，以传统思想作为社会风气的准则，教化子民。他们的考成也以此为根据。李贽的言行既然有关风化，也就是和官僚绅士的切身利益有关。
然而如果把问题仅仅停留在此，也还是皮相之谈。因为对官僚绅士自己来说，行为不检甚至涉及淫乱，本来是所在多有，毫不足怪。如果他们本人不事声张，旁人也可以心照不宣。李贽究竟无邪还是有邪，可以放在一边不管，关键在于他那毫无忌惮的态度。他公然把这些可以惹事生非的情节著为文字，而且刊刻流传，这就等于对社会公开挑战，其遭到还击也为必然。而且，他的声名愈大，挑战性就愈强烈，地方官和绅士也愈不能容忍，对他进行惩罚已属责无旁贷。
这些人雇佣地痞打手焚烧芝佛院，行为可谓卑劣怯弱，但在他们自己看来，则属于卫道。
避居商城和通州
万历廿八年（1600年）冬，李贽先藏于麻城杨定见处。离开麻城后，躲入河南商城县黄檗山中。李贽在商城只呆几个月，读《易》，修改《九正易因》，讲学，游览名胜，咏读酬唱。
万历廿九年（1601年）农历2月，值敢于直言极谏的好友、被罢职御史马经伦来访，李贽被 马经纶接至北京附近通州（今北京通县）别业寓居。
李贽的学生安徽人汪本钶在《哭卓吾文》中云：“庚子（1600年）冬，师读《易》黄檗山，改正《易因》，适马诚所（经纶）先生年自北通州来，访师山中。越明春，师与马先生同至通州。”
李贽《续焚书·卷5·温泉酬唱》序曰：“春日余同马诚所（经纶）侍御北行，路出汤坑，商城张子直 舜选，携其甥盛朝衮，其小友陈璧，俟我于此，连饮三日，然后复同往。从我者：麻城杨定见，新安汪本钶，并诸僧众十数人；从侍御者：僧通安与其徒孙则自京师。此可以见张与盛与陈之舅若甥与若小友之为人矣，因为《温泉酬唱》。”诗曰：“大都天下士，已在此山中。爱客能同调，相随亦向东。洗心千涧水，濯足温泉宫。老矣无余弃，愿师卫武公。”
在通州，李贽有《登楼篇》（《续焚书·卷5》），是离别杨定见和无念禅师的诗。其序云：“是篇别杨生定见、上人无念而作也。杨母及其室人俱深信佛乘，故篇末及之。”诗云：“登楼不见余，定知余已去。此间相识人，问余去何事。势利不在余，诸君何劝渠。中有杨定见，二载独区区。心事如直绳，孤立终不惧。畏首复畏尾，谁能离兹苦。但知道在吾，不顾害有无。上人称具眼，居士当何如。庞公难难难，庞婆易易易。会得无难易，与吾同居止 。 ”
又有《赴京留别云松上人》（《焚书·卷6》），表达对黄柏山及友人的无限眷恋之情。诗云：“支公仙迹此山居，深院巢云愧不知。自借松风一高枕，始知僧舍是吾庐。风吹竹柏袈裟破，月满池塘钟磬虚。独有宿缘酬未毕，临岐策马复踌躇。 ”
在通州，李贽每日与马经纶研读《易经》。马经纶赀财富有，特意为李贽修造一所“假年别馆”，并拨出果园菜圃和另一块土地，雇人耕种，以收入作为其客居的供应之资。
万历卅年（1602年），李贽，修改《易因》为《九正易因》。二月五日病甚，草《遗言》。
李贽之死
张问达的疏劾
万历卅年（1602年）闰二月乙卯，在大官僚沈一贯指使和都察院左都御史溫纯伙 同下，著名的东林党人、都察院礼科给事中张问达给万历皇帝上了一道专门弹劾李贽的奏疏。在奏疏中，张问达使用了大量耸人听闻的谣言和污蔑不实之词，必欲将李贽置于死地而后快。奏疏原文如下：
“李贽壮岁为官，晚年削发，近又刻《藏书》、《焚书》、《卓吾大德》等书，流行海内，惑乱人心。以吕不韦、李园为智谋，以李斯为才力，以 冯道为吏隐，以卓文君为善择佳偶，以秦始皇为千古一帝，以孔子之是非为不足据。狂诞悖戾，不可不毁。
尤可恨者，寄居麻城，肆行不简，与无良辈游庵院挟妓女，白昼同浴，勾引士人妻女、入魔讲法，至有携衾枕而宿者，一境如狂。又作《观音问》一书，所谓观音者，皆士人妻女也。后生小子，喜其猖狂放肆，相率煽惑。至于明劫人财，强搂人妇，同于禽兽而不之恤。
近来缙绅大夫，亦有诵咒念佛，奉憎膜拜，手持数珠，以为律戒，室悬妙像，以为归依，不知遵孔子家法，而溺意于禅教沙门者，往往出矣。
近闻贽且移至通州，通州距都下四十里，倘一入都门，招致盘惑，又为麻城之续。望敕礼部，檄行通州地方官，将李贽解发原籍治罪。仍檄行两畿及各布政司将贽刊行诸书，并搜简其家未刻者，尽行烧毁，毋令贻祸后生，世道幸甚。”
这份具有煽动力的上疏，前面列举李贽言论都有事实根据。至于“尤可恨者”一句以下，则是张问达使用“罗织”方法，把一些单独看来不成其为罪状的过失贯穿一气，使人觉得头头是道，何况还把可能的后果作为现实的罪行，这也是本朝司法中由来已久的习惯。但说到底，还在于李贽的言行牵涉到道德的根本。
张问达其人
张问达是东林党人头面人物之—，也是将李贽迫害致死的罪魁祸首。史家认为，在晚明时期政治斗争中，东林党人是代表早期市民阶层利益而与皇权相抗争的一个社会集团。那么张问达怎么会迫害在意识形态领域中充当社会进步的前驱先路、最主张要关心民众生活的的思想家呢? 李贽的那些最好的朋友，如袁宏道、汤显祖等，也都是支持东林党人的。
或曰，东林党人中有“君子”，也有“小人”。可是张问达恰恰是东林党人中享有盛名的“君子”之一。
根据《明史·卷241》的记载，张问达，字德允，泾阳人，与东林领袖顾宪成同乡。万历十一年（1583年）进士，历官知县、刑科给事中、工科给事中、礼科给事中、右佥都御史巡抚湖广、吏部尚书等，是一个不可多得的好官。当万历皇帝派矿监税使对商民进行掠夺时，上疏“陈矿税之害”。 典试山东时，他见道中饥谨流离状，又上疏“请亟罢天下矿税” 。万历三十年十月，他又乘天上出现星变之机，再次上疏请“尽罢矿税”。巡抚湖广时，正值万历皇帝大兴土木建宫殿，要湖广出420万两的皇木银两费，张问达又“多方拮据，民免重困久之”。
其实，万历三十年对李贽的迫害，只是万历二十八年的那场迫害的继续。问题还是出在要不要维护儒家的纲常名教和道德伦理至上主义上。李贽反对儒家的“君子之治”而提倡“至人之治”，反对儒家的道德伦理至上主义而提倡社会功利主义，而泰洲学派的耿定向和东林党人正与此相反。
李贽的学说在民间的影响更大得惊人。李贽的学说使他处于万历年间中国社会时代矛盾的焦点上。封建统治者既不能容忍民间有比官方意识形态更有影响力的思潮存在，更不能容忍这种新思潮渗入统治集团内部，动摇那定于一尊的孔孟之道、程朱理学的意识形态统治基础。
张问达疏劾李贽，导致李贽惨死诏狱，然而张问达的下场也并不好。天启五年(1625年) ，御史周维上疏弹劾已退休回乡的张问达“植党乱政”，另一御史牟志虁也上疏弹劾张问达有贪赃行为，要求绳之以法。天启皇帝令张问达捐白银十万两作为军饷以换取性命。张问达是江南的官绅富户，但要他一下子拿出十万两白银来也确有困难，于是张问达被活活气死，几乎全部的家产都被充公。
入狱
万历皇帝尽管贪财好色，但有时头脑还算清楚。他认为，像李贽这样一个连正四品的官、甚至更大的官都不愿做的人，不可能生活得那么放荡，因为一个生活放荡的人尽可以享受“名教”中的“乐地”，不仅家里妻妾成群，而且无论走到哪里都可以“合法”地找官妓相陪。何况李贽风烛残年。万历皇帝似乎也明白，在男女关系上的谣言是官场上攻击别人的惯用手法，所以他对关于李贽的“桃色新闻”似乎也并不介意，而李贽离经叛道的思想言论则是绝对不能容忍的。因此，他决定以“敢倡乱道”的罪名将李贽逮捕治罪：
“李贽敢倡乱道，惑世诬民，便令厂卫五城严拿治罪。其书籍已刻未刻，令所在官司，尽搜烧毁，不许存留。如有党徒，曲庇私藏，该科道及各有司，访奏治罪。”
皇帝的军队立即出动，奔赴北通州(今北京通县)，从马经纶家中将卧病在床的李贽带走，关进监狱。
马经纶即上《与当道书》为李贽辩解，但无效。
在多数文官看来，李贽自然是罪有应得，然而又不免暗中别扭。
本朝以儒学治天下，排斥异端固然是应有的宗旨，但这一宗旨并没有经常地付诸实施。李贽被捕之日，天主教传教士、意大利人利玛窦早已在朝廷中活动，以后他还要继续传教，使一些大学士尚书乃至皇帝的妃嫔成为上帝的信徒。而万历皇帝和母亲慈圣太后则对佛教感觉兴趣。虽说在1587年曾经因为礼部的奏请，皇帝下令禁止士人在科举考试的试卷中引用佛经，但是在1599年，即李贽被捕前3年，他却告诉文渊阁的各位大学士，他正在精研“道藏”和“佛藏” 。这还有行动可以作为证明：皇帝经常对京城内外的佛寺捐款施舍，又屡次派出宦官到各处名山巨刹进香求福，而好几次大赦的诏书中，更充满了佛家慈悲为本的语气。所以，把提倡异端的罪魁祸首加之于李贽，毕竟不能算做理直气壮。
审讯
对李贽的审讯是严格按照万历皇帝的意图进行的，只要他交待其“敢倡乱道”的思想言论问题，而丝毫也没有涉及关于他的桃色新闻。卧倒在皇家法庭堂前的李贽对此作了简短的申辩：“罪人著书多有，具在，于圣教有益无损。”
从各种有关的文字记载来看，李贽在监狱里没有受到折磨，照样能读书写字。
奉旨审问李贽的大金吾笑这个老头子太倔强，不复再审，建议皇帝不必判处重刑，只需要递解回籍了事。根据成例，这种处罚实际上就是假释，犯人应当终身受到地方官的监视。但不知何故，万历皇帝对此迟迟不作批复。而李贽在此之前好几年就为自己选择了“荣死诏狱”的最后归宿。
誓死不还乡
李贽晚年不归故乡，长期寓居在外。其妻黄氏死时，嘱婿只作单圹，以示不归。入狱后， 李贽听说 朝廷 要押解他回原籍福建，感慨地说：“我年七十有六，死耳，何以归为？” 又说：“衰病老朽，死得甚奇，真得死所矣。如何不死? ”
李贽誓死不还乡，除了上述担心回故乡后得受当地官府管束的原因外，尚有一个李贽没有讲出的重要原因，即与当时泉州地区炽盛的闽学氛围有关。
闽学是南宋著名理学家朱熹创立的一个带有地域性的学派，由于它继承和发展了河南洛阳 程颢、程颐创立的洛学理论，故历史上统称为程、朱理学，为宋、元、明、清理学之主流。
闽学在泉州有着深厚的社会基础。清·陈科捷《陈紫峰先生文集·序》曾曰：“吾泉务实学，自欧阳四门（指唐代差不多与韩愈同时提出儒家道统的泉州人欧阳詹）以后，至宋为朱子过化之地，渊源所渐 骎骎，与伊、洛比盛。”
当明代后期王阳明学说盛行之际，泉州又成为闽学的主要根据地。作为是时的泉州人，李贽并没有加入故乡闽学学者们的阵营，而是走自己的路。李贽的思想属性，学者们或称之为“ 王阳明心学的后学”，或称之为“王学左派”，或称之为“异端之尤”，他“好作惊世骇俗之论，务反宋儒道学之说”。他在《焚书·卷2·书答·又与焦弱侯》甚至说出“今之讲周、程、张、朱者，可诛也”这种令时人震惊的话来，甚至还不顾同乡的情份，公然在其著作中指名道姓地批评家乡的一些闽学代表人物为迂狂不通。因此，李贽在晚年若回到闽学主要根据地的泉州，是很难找到志同道合的知音的。尽管李贽早年在泉州也有一些朋友，但现在这些人或已去世，或已长期没有往来，或在对待朱熹等宋儒的态度上与李贽不一 。
而明朝后期，王阳明学说虽然在福建遭到闽学者们的坚决抵制和批判，但在全国其它地方却相当盛行，使朱子学说一时低落。这种大气候为李贽生前想当“四方之人”提供了必要的前提条件，使他在“飘流四方”的路上遇到了一个又一个志同道合的朋友。这些朋友在李贽 活着时为他的生活、读书、论学、著作等提供种种方便，在他逝世后又为之树碑立传，传播学说思想。
苏桂炳《李贽与闽学——李贽晚年不归故乡原因管见》（《李贽学术国际研讨会论文集》，首都师范大学出版社，1994、10）认为：“总之，对李贽这样一位中国思想史上杰出的思想家，我们在探讨他晚年不回故乡的原因时，应联系到当时思想战线上闽学与王学斗争的历史，进行全面的思考，只有这样，才能对这个问题作出比较符合历史事实的解释。”
自杀
三月十五，李贽在狱中留偈：“志士不忘在沟壑，烈士不忘丧其元。我今不死更何待？愿早一命归黄泉。”呼侍者剃发，遂夺剃刀自割其喉，血流遍地，尚未断气，气不绝者两日。
侍者看到李贽鲜血淋漓，还和他作了一次简单的对话。问：“和尚痛否?”李贽已不能出声，以指沾血在侍者掌心写字作了回答：“不痛。”侍者又问：“和尚何自割？”李贽又用手指写了王维的一句诗以解释他的死因：“七十老翁何所求！”
三月十六日（公历5月7日）夜子时，李贽气绝，年76岁。
东厂锦衣卫写给皇帝的报告，则称李贽“不食而死”。
葬通州
马经纶不避嫌疑，为李贽治丧，遵照李贽生前遗嘱，将其遗体安葬在通州北门外马厂村迎福寺侧（今西海子公园），汪本钶撰写碑记，焦竑题书墓碑“李卓吾先生墓”。碑阴《李卓吾碑记》和《吊李卓吾先生墓二首》则是好友詹轸光于万历四十年（1612年）所撰，诗中有云：“燕赵古来多慷慨”、“侠骨不防燕市死”，表达对李贽的崇敬和悼念。
万历三十八年（1610年），李贽的学生汪可受，以及梅掌科、苏侍御捐资为李树碑，汪并作墓碑记。此碑于七八十年前，被通州北门外马厂村的大地主肖容和地主傅彦农之父，在一个狂风劲刮的黑夜，套上八匹骡马推倒。
1953年10月中央卫生部欲在该处建医院，1954年通州市人民政府迁墓于通州城北通惠河北岸牛作坊（原名大悲林村，今西海子公园），安葬尸骨，重建碑楼。李贽墓列为北京市文物保护单位。